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为了系统、全面地研究宝石，为了从宝石的本质及各种宝石的相互关系中寻找其全面的系统的规律性，就必须对宝石进行科学分类。
专业分类
宝石的分类方法很多，如单纯以化学成分为依据的化学成分分类，以元素的地球化学特征为依据的地球化学分类和宝石成因为依据的成因分类等。目前在宝石学业界广泛采用的是依托矿物学的分类方法，即以矿物的成分、结构为依据的晶体化学分类。矿物自身的性质与一定的生成条件有关，在一定程度上也反映了自然界元素结合的规律，因此采用这一分类方法是科学的、合理的依据化学成分和晶体结构将宝石矿物分为五大类，即自然元素、硫化物及类似化合物、氧化物和氢氧化物、含氧盐和卤化物。
将常见的、玉石、印石、砚石等按化学成分与晶体结构分门别类，归属于如下经典矿物学的分类体系中，虽然某些矿物并不为普通消费者所熟知，但它们的集合体却家喻户晓，如硬玉为翡翠的主要组分矿物、蔷薇辉石为京粉翠的主要组分矿物、透闪石与阳起石为软玉的主要组分矿物、叶蜡石为多种印石的主要组分矿物、蛇纹石则为岫岩玉的主要组分矿物等。
我国习惯上对于呈现金属光泽的宝石称之为××矿，如辉锑矿、黄铁矿、菱锰矿等；对于非金属光泽的矿物，称之为××石，如孔雀石、方解石、萤石等；对于宝石类矿物，常称之为×玉，如托帕石(矿物学名称为黄玉、为避免与和田玉中的黄玉混淆，业界常称其为托帕石，为其英文名称Topaz的音译)、刚玉等；对于地表次生矿物，常称之为×华，如钴华、钨华，但由于此类矿物耐久性较差，所以不将它们定为宝石。
依据化学成分和晶体结构分类
族
矿物的族是指化学组成类似并且晶体结构类型相同的一组矿物，但为了便于说明某些矿物之间的联系，有时也将同质多像变体归之于同一个族。如辉石族矿物包括硬玉(翡翠的主要组分矿物)、锂辉石(紫色调单晶刻面宝石)、钠铬辉石(颜色偏深墨翠的主要组分矿物)等。
分类举例
亚种
所谓亚种(亦称变种或异种)是指同属于一个种的矿物，但在化学组成、物理性质等方面有一定程度的变异者。一般通用以晶体化学为基础的分类，既考虑到矿物的化学组成的特点，也考虑到晶体结构的特点。
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